Error archivo .htaccess proyecto codeigniter en servidor aapanel

Tengo un vps en el cual está instalado aapanel como servidor web, en el tengo algunos sitios corriendo con wordpress sin ningún problema, estoy intentando instalar un sitio desarrollado en codeigniter el cual utiliza un archivo .htaccess para reescribir las url, el proyecto estaba trabajando en cpanel sin ningún problema lo estoy migrando para tener un mejor rendimiento.

Los archivos no sean modificado para nada solo se realizó el respaldo de cpanel y se subió al servidor aapane.

Mi archivo .htaccess

 RewriteEngine on
  Options -Indexes
  RewriteCond $1 !^(index\.php|dist|css|js|bootstrap-dist|font-awesome|img|upload|phpexcel|assets|\robots\.txt|sitemap\.xml)
  RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]

El servidor aapanel maneja los archivos .htaccess de manera separada de los archivos de tu directorio, debes de ir a la configuración de tu sitio y entrar en el submenú URL rewrite en este campo debes de colocar el contenido de tu archivo .htaccess